La historia de Rewrite toma lugar en Kazamatsuri, una ciudad ficticia donde coexisten la civilización y las áreas rurales. Dentro de ella, los jugadores asumen el papel del estudiante Kotaro Tennoji e interactúan con sus compañeras de clase Kotori Kanbè, Chihaya Ohtori, Akane Senri, Sizuru Nakatsu, y Lucia Konohana.